在软件开发的过程中，注释是一项非常重要的功能。注释可以提高代码的可读性和可维护性，方便后续的开发和修改。在软著申请中，是否可以将软著源代码中的注释包含在内呢？

答案是可以的。软著源代码可以包含注释，申请软著的时候也可以将注释一起提交。实际上，注释是代码的一部分，是起到解释说明作用的文本。因此，在申请软著时，应该尽可能地提交完整且清晰易懂的代码，以便加快申请的进程。

在提交包含注释的软著源代码时，需要注意一些问题。注释的内容应该与代码本身相关，而且应该是真正有助于理解代码的注释。如果注释与代码无关或者只是一些无关紧要的信息，那么在申请软著时，这些注释可能不会被认为是软件的核心部分，从而无法保护。

还需要注意的是，注释应该是自己的原创内容，而不是直接复制粘贴了其他人的代码注释。如果在注释中包含了其他人的版权内容，那么这可能会导致软著申请被驳回或是申请后被撤销。

虽然注释可以包含在软著源代码中，但是注释本身并不具有软著保护。软著保护的是源代码本身，而不是包含在其中的注释。因此，在软著申请时，注释的内容应该按照代码整体的保护策略进行处理，通常采用代码加密、版权声明等措施，以最大化保护软件的知识产权。

在软著申请中可以包含注释，但需要注意注释的内容质量和版权保护问题。只有这样，才能更好地保护软件的知识产权，为软件开发者提供更好的保障和支持。