随着软件产业的快速发展，软件著作权的保护越来越受到重视。而在进行软著申请时，一些程序员会有疑虑，即申请软著会不会让他们的代码被泄露或运行起来？

我们要明确一点，申请软著是为了保护软件著作权，而并非公开代码并让其运行。软著申请者需要提交软件的部分或全部代码，但这些代码只是为了证明软件的原创性和可保护性，并不会让代码被公开或让其运行起来。

如何保障程序的安全呢？在软著申请过程中，申请者的代码只会被专业的知识产权代理机构或著作权局工作人员所查阅。这些人员都有严格的保密义务，绝不会泄露代码。在申请软著之前，申请者可以对代码进行加密或者去除部分敏感信息，以保障程序的安全性。

除了在申请软著时的安全问题，我们还需要关注软著的申请流程和保护策略。

软著申请需要提交软件的申请表、软件说明书和软件代码等材料。申请者需要提供软件的详细信息和证明软件的原创性，以及申请人与所申请软件著作权的关系证明等资料。

在软著保护方面，申请人可以采取以下措施：

1.定期备份软件代码和相关资料。

2.严格控制软件分发和使用的范围，对侵权行为采取法律措施。

3.定期升级软件功能和优化软件性能，保持软件的竞争力。

4.申请软著后，及时续展软著保护期限。

针对常见问题，我们也需要有所了解。比如，在软著申请中，被拒绝的原因可能有：

1.软件不具备原创性。

2.软件涉及的领域与已有软件雷同度过高。

3.由于提交的文字描述和软件代码不符导致的申请拒绝。

针对这些问题，申请者应当注意完善自己的软件原创性证明、阅读相关软著申请指南并仔细阐述软件内容、描述等细节，以保证软著申请顺利通过。

申请软著过程中不会让代码运行，软著保障程序的原始代码安全。同时在申请软著时需要准备相关资料，制定保护计划，遵循软著申请指南以避免被拒绝。