在创新的道路上，软件创作者们常常需要共同合作，实现共同的目标。这就意味着，他们需要为软件申请著作权并予以保护。共同申请软著的情况下，如何保障双方的合法权益呢？

共同申请软著协议，也称软著共同申请，是指两个或两个以上的个人及/或公司联合，申请软件著作权并确定各自权益的一份协议。这样可以保障各位合作者在软著申请、保护和共同开发中的利益。

在共同申请软著之前，首先需要确定每个合作者在著作权中所占的份额。这通常与合作者的贡献有关。贡献的大小主要取决于软件工程师在软件设计、编写、测试、维护等方面的工作量。因此，在共同申请软著之前，建议明确规定合作者的工作量及分工。

合作者在软著共同申请时，还需要签订软著共同申请协议。该协议规定了各方在著作权中的权益以及开发和维护软件时的责任。

合作方应该特别注重软著的保护和维护。通常，著作权申请审批所需要的时间可能会很长，甚至达数年之久。因此，合作者们应该共同承担申请过程中的将伴护问题，同时也应该积极配合执法机构，保护软件著作权。

如果软著在未经许可的情况下被侵害，合作者需要一起打击侵权行为。如果侵权行为发生在我国境内，他们可以向国家版权局或者交由律师代理提起诉讼。如果侵权行为发生在国外，他们可以通过国际知识产权组织或者派驻在当地的律师代理来处理此事。

如果多个合作者共同申请软著，一份协议是非常必要的，它将有助于保留每个人的合法权益并避免未来的纠纷。只有在共同协作和正确的操作下，才能保护人们的知识产权，并尽快获得批准的软件著作权。