一般情况下，软件开发公司通常会将软件的不同部分集成在一起，然后申请一份软著以保护整个软件。但是，根据软件的具体情况，有时为软件的不同部分分别申请软著会更有优势。

一方面，在软件申请单一软著的情况下，因为所有代码都被视为一个整体，因此如果有侵权情况发生，便容易出现整个软件被禁止使用的风险。而如果把软件分成多个独立的部分进行分著，那么在出现侵权行为时，只会受到侵权部分的影响，其他部分不受影响，从而减少了公司的损失风险。

另一方面，硬件和软件的整合越来越紧密，因此有时申请单一软著已经无法保护整个软件所覆盖的硬件领域。在这种情况下，如果分著，同时考虑对应的硬件领域进行申请会更有意义。这样，软著的保护范围就可以更加明确地限定在软件和硬件领域之内，从而增强软件的保护效果。

软件进行分著申请也需要注意一些问题。每个软件部分必须具有独立性，即每个部分都必须可以独立运行并且具有完整的功能，这样才能保证每个部分都可以申请软著。软件分著申请并不一定会比单一申请更简单和更便宜，因为需要提交多个软著申请，而且在处理过程中也要消耗更多的时间和精力。

对于复杂软件的开发公司来说，软件分著申请具有以下优点：减轻侵权带来的风险；为软件的保护范围提供更精准的定义。但要注意每个部分必须具备独立性，同时需要充分考虑分著申请所消耗的时间和精力。