对于企业而言，软件著作权的申请是非常重要的。但是，在部分情况下，企业有可能遇到共同开发软件的情况，那么两个单位如何共同申请软著呢？

我们需要了解软著的申请流程。软著的申请需要提交申请表、程序代码、软件功能说明等材料，需要由软著代理机构代理申请。如果是两个单位共同申请，则要在申请表中注明申请人信息和比例以及合作关系。另外，需要提供共同申请协议并加盖单位公章。

在共同申请软著时，我们需要清楚权利归属的问题。如果两个单位在开发过程中，有清晰的创作贡献和归属，则可以按照比例共享权利。如果权利没有明确划分，则需要通过协商达成共同申请的一致性。

在申请软著后，我们需要关注保护策略。我们建议优先申请软著，确保软件著作权的权益得到保障。同时，我们还需要注册商标、专利等相关权益，建立全方位的保护体系。

我们需要关注共同开发过程中的常见问题。例如，比例的划分和申请人信息的确认等。在申请软著时，需要认真阅读注意事项，并与合作单位充分沟通，明确协作关系和责任承担，避免发生纠纷或争执。

通过以上措施，两个单位可以共同申请软著，确保自身权益得到保障。在申请过程中，需要严格按照规定手续办理，确保获得软件著作权的合法性和权利，为企业的发展提供良好保障。