在如今数字化时代，计算机软件已经成为人们日常生活和工作中不可或缺的工具。而保护计算机软件的知识产权，尤其是软件著作权（软著），则变得越来越重要。

计算机软著能否被运行呢？答案是肯定的。软著是针对软件代码的保护，不仅包括代码本身，还包括对代码所起到的功能的保护。因此，软著保障的是软件代码及其所体现的功能，而不是软件的运行状态。

如何申请软著呢？软著的申请流程相对简单，需要提交软件著作权申请书、软件著作权登记表、申请人身份证明等相关材料。审查周期一般为3-6个月，审查通过后将颁发软著证书。

但是，需要注意的是，软著的保护范围是有限的，只保护软件的源代码及其所体现的功能。因此，在软著申请过程中，需要确保软件代码的完整性和原创性，并且清晰地描述软件的功能。

另外，软著的保护并不是万无一失的。在实际运用中，还需要采取其他措施来保护软件知识产权，例如加密保护、数字签名、使用开源软件时遵守相关许可证等。

在软著保护过程中，也会出现一些常见问题，如软著被侵权、软著登记流程耗时等。对于这些问题，可以寻求知识产权代理公司的帮助，他们会有专业的律师团队协助解决问题，保障软著的权益。

计算机软著的知识产权保护是非常重要的。在软著申请过程中，需要注意完整性和原创性，并采取其他措施来加强软件知识产权保护。在保护过程中遇到问题，可以寻求专业知识产权代理公司的帮助。