在软件开发中，软著是一项非常重要的知识产权，是对软件版权保护的一种方式。软著在哪个部门申请呢？

软著申请部门在国家版权局。国家版权局是国内文化部门下的一个行政机关，负责版权管理以及知识产权保护工作。在软著申请中，国家版权局是软著申请的主管机关。

软著的申请流程可以简单分为以下几个步骤：

第一步，填写软件著作权申请表。软件著作权申请表中需要填写的内容包括软件的名称、用途、开发者、法人或自然人、开发日期等。填写完成后，需要签字盖章。

第二步，提交软件著作权申请材料。软件著作权申请材料包括软件著作权申请表、软件说明书、软件源代码、软件设计文档、软件测试文档等。需要注意的是，软件源代码和软件设计文档等必须要具备完整性和可读性，否则影响申请的批准。

第三步，等待版权局审批。申请材料提交后，国家版权局会进入审核流程，如果发现材料有问题，会通知进行修改补充，如果材料齐全、符合规定，版权局会发布软著证书。

申请软著的过程需要时间和精力，但是软著对于软件开发企业非常重要。有了软著保护，软件开发企业可以获得版权保护，维护自身利益。同时，软著证书也可以作为企业的品牌实力证明，提升企业形象与竞争力。

软著申请过程中也要注意避免一些常见问题，比如：

一、避免申请材料不齐全。软著申请材料必须要完整齐全，缺失的资料容易被驳回。

二、避免软件无法使用。软著申请材料中的软件必须是可运行的，否则无法审核。

三、注意保密性。软著申请材料中的软件源代码等涉及技术内容的材料要注意保密，防止泄露。

在软著的保护方面，还可以采取其他一些策略，比如及时维权、注重市场情况等。软著的保护不仅仅是申请流程本身，更需要企业注重实际应用及保护。