在软件开发过程中，常常会涉及到多人合作完成某个软件的开发。在这种情况下，软件著作权的申请以及协议书的签署都需要特别注意，以避免因为规定不清而导致的版权争议和法律纠纷。

对于软件著作权的申请，多人合作情况下需要注意以下几点：

第一，所有参与软件开发的人员都应当在软著申请中列出其姓名、职务、所属公司或单位等基本信息，并在申请材料的署名页上签名确认。

第二，软著申请的主体可以是一家公司或是一个团队，但是在申请过程中应当明确确定哪些人员是参与了软件的创作，哪些人员是参与了开发并提供了技术支持。

第三，所有参与创作的人员应当签署软著协议书，并在其中明确说明软件著作权的归属权和使用权等问题。

针对软著协议书中的乙方，也就是软件著作权的受让方或是使用方，以下几点需要格外注意：

第一，乙方应当明确知晓软件著作权的归属情况，并对软著协议书中的相关条款进行仔细阅读和理解。如果有任何问题，应当及时向甲方（软著申请人）进行咨询和解决。

第二，乙方应当严格遵守软著协议书中的相关规定，并确保不会侵犯甲方的软件著作权，否则将会承担相应的法律责任和经济责任。

第三，如果软著协议书中有关于软件著作权的转让或是使用的条款，乙方应当仔细阅读并确认自己的权益得到了保护。如果有任何疑问或是不清楚的地方，应当及时向甲方进行咨询和解决。

多人合作软件开发中的软著申请和协议书签署是非常重要的事情，需要双方都十分谨慎和认真。只有这样，才能真正地保障软件著作权的申请和保护，避免侵犯和版权争议的发生。